С февраля 1941 года Бондаренко А.Д. на партийной работе — секретарь Трубчевского райкома ВКП(б) Брянской области. При непосредственном участии Бондаренко А.Д. были созданы два партизанских отряда и пять подпольных групп. В апреле 1942 года Бондаренко А.Д. был назначен комиссаром партизанского объединения, в которое вошли все отряды, действовавшие на территории юго-западных районов Орловской области. В объединении насчитывалось до 25 тысяч бойцов. 

Организаторские заслуги Бондаренко А.Д. в борьбе с оккупантами, проявленные им мужество и отвага получили высокую оценку. 1 сентября 1942 года Указом Президиума Верховного Совета СССР Бондаренко А.Д. присвоено звание Героя Советского Союза. Награжден орденом Ленина, медалями.

 С 1944 года полковник Бондаренко – в запасе. В 1950 году окончил Высшую партшколу при ЦК КПСС. Был секретарем Тамбовского обкома партии.