Родился 17 декабря 1912 года в селе Казацком (ныне Белгородский район). Окончил начальную школу, затем учился в школе ФЗУ в Белгороде. В Красной Армии с 1934-36 годы и с 1941 года. В 1935 году окончил 1-ю Московскую революционную пулеметную школу им. ВЦИК. 

На фронтах Великой Отечественной войны с августа 1941 года. Командир батальона 341-го гвардейского стрелкового полка (119-я гвардейская стрелковая дивизия, 10-я гвардейская армия, 2-й Прибалтийский фронт) гвардии майор Черников А.Е. во главе своего подразделения при прорыве сильной обороны противника на подступах к городу Резекне (Латвия) первым форсировал реку Айвиексте и умело организовал отражение контратак противника, расширил захваченный плацдарм и способствовал успешному наступлению дивизии. 

24 марта 1945 года Указом Президиума Верховного Совета СССР Черникову А.Е. присвоено звание Героя Советского Союза. Награжден орденами Ленина, Красного Знамени, Суворова 3-й ст., медалями. 

После войны продолжал служить в Советской Армии.